寒冬腊月，每天早晨6点起床，去公园、山顶、海滨读书，长年累月，坚持不懈，攻克了一个又一个的难关，每次考试，基本上都是满分。天上没有掉下来的馅饼。他的努力终于换来了全优的成绩，被同学称为有“两个大脑”的人。
1974年9月，他被分配在杭州的国家海洋局第二海洋研究所，从事海洋地质研究。在海洋二所的年月里，他参加过许多研究课题，如中日海底电缆铺设前期地质调查、东海地质调查、中美东海动力沉积作用研究、太平洋锰结核调查等。
无论在哪里，章纪君都把工作看作是一种神圣的事业。在他看来，工作是一种享受，辛苦是一种幸福。他相信，艰苦的工作，必将换来五彩的人生，这个世界也不会亏待辛勤劳动的人。多少个日日夜夜，多少个寒冬炎夏，他泡在实验室里，做研究工作。
章纪君的勤勉工作，获得领导的认可和信任。1975年9月，研究所领导派他赴同济大学进修海洋微体古生物。通过数年的辛勤劳动，同济大学和海洋二所共同出版了《东海表层沉积中有孔虫、介形虫的分布》、《中国海洋微体古生物》(英文版)两部书及其它若干文章，并建立了若干有孔虫新种。这些研究文献的出版，在中国东海地区尚属首次，并在这个领域里居世界领先水平。它们极大地丰富了我国的海洋地质、海洋生物化石的研究内容。
随着中国对外开放力度的加人，出国深造的春天到来了。通过专业和英语的考试，1982年12月，章纪君告别领导和同事们，奔赴位于纽约的世界一流的哥伦比亚大学拉蒙特地质研究所。他和印尼华侨马维骅教授一起从事海洋中浮游有孔虫的生物学、分类学、生态学，以及生物与海洋水团关系的研究。马维骅是世界上浮游有孔虫的生物学研究领域的第一人，也是一代宗师。章纪君的第一篇国际论文就是在他的实验室里诞生的。可惜，马维骅教授因心脏病发作，不幸离开人世，才54岁后来章纪君到田纳西州的vanderbilt大学地质系从事钙质超微浮游生物研究。这是一个很冷门的边缘学科，当时在偌大的中国，真正懂得它的人，仅有一二人而已。他在很短的时间里全面掌握了钙质超微浮游生物的知识，做了大量工作，并撰写了论文，发表在国际刊物上。
l987年夏天，由美国国家地质凋查局资助，章纪君第3次来到美国。在美期间，他被美国自然历史博物馆、伍兹霍尔海水海洋研究所和哥伦比亚大学等机构聘为顾问编辑，进行学术研究工作。1991年经专家推荐考入加拿大达豪逊大学联合国教科文组织世界海平面变化研